Ugonjwa wa povu wa simon wa Zoonotic nchini Bangladesh unaonyesha mifumo anuwai ya maambukizo na maambukizo ya ushirikiano

Kifungu Kamili cha Takwimu na data Marejeleo Marejeleo Machapisho ya Utoaji wa Leseni ya Vipimo na Ruhusa PDF AbstractSimian foamy viruses (SFVs) hupatikana kila mahali katika nyani wasio binadamu (NHPs). Kama ilivyo kwenye retrovirusi zote, nakala ya nyuma ya SFV husababisha urekebishaji na mabadiliko. Kwa sababu wanadamu wengi wameonyeshwa kuambukizwa na SFV kuliko virusi vyovyote vinavyoambukizwa, SFV ni mfano mzuri wa kusoma virolojia na magonjwa ya magonjwa ya virusi kwenye kiwambo cha binadamu / NHP. Katika Asia, SFV inawezekana kupitishwa kwa wanadamu kupitia kuumwa kwa macaque na mikwaruzo ambayo hufanyika katika muktadha wa maisha ya kila siku. Tulichambua mfuatano anuwai kutoka kwa jeni la SFV kutoka kwa wanadamu na macaque ili kubainisha uambukizo wa virusi vya ukimwi kwenye kiwambo cha binadamu / NHP huko Bangladesh. Hapa tunaripoti ushahidi kwamba wanadamu wanaweza kuambukizwa kwa wakati mmoja na aina nyingi za SFV, na watu wengine wameambukizwa na shida ya SFV ya autochthonous na shida sawa na SFV inayopatikana kwenye macaque kutoka eneo lingine la kijiografia. Takwimu hizi, pamoja na matokeo ya hapo awali, zinaonyesha kuwa harakati zote zinazowezeshwa na binadamu za macaque zinazoongoza kwa kuletwa kwa aina zisizo za wakaazi za SFV na urekebishaji wa virusi vya ukimwi katika macaque huchangia utofauti wa SFV kati ya wanadamu nchini Bangladesh. Utangulizi UtanguliziWa virusi vya Famamu (FVs) ni familia ndogo ya virusi vya ukimwi ambayo husambazwa sana katika majeshi ya wanyama wenye uti wa mgongo, pamoja na nyani zisizo za kibinadamu, paka, ng'ombe na farasi. Kliniki Microbiol Rev2001; 14: 165-176. [Crossref], [Mtandao wa Sayansi ®], [Google Scholar] FVs ni virusi vya zamani vya asili ambavyo husambazwa kwa ufanisi kati ya wenyeji lakini haijulikani kusababisha magonjwa. virusi vya povu na nyani. Asili2005; 434: 376-380. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] Ingawa karibu karibu kila mahali katika nyani wasio wa kibinadamu (NHPs), virusi vya simian foamy (SFV) sio kawaida katika Homo sapiens. Maambukizi ya Zoonotic ya wanadamu na SFV yamegunduliwa hapo awali katika nchi kadhaa na katika hali tofauti za mawasiliano ya ndani pamoja na maabara ya NHP na wafanyikazi wa zoo huko Amerika ya Kaskazini, wafanyikazi wa 'hekalu la nyani', wamiliki wa wanyama wa wanyama na watu wanaoishi karibu na macaque ya bure Kusini na Kusini mashariki. Wawindaji wa Asia na nyama ya misitu katika Afrika ya Kati.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 na simiti za retrovirusi zilizo na povu kwa wanadamu: ugunduzi, magonjwa ya magonjwa, uambukizi wa spishi na virusi vya molekuli. Virolojia2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar] Hadi sasa, usafirishaji wa SFV wa NHP-kwa-binadamu umeandikwa katika watu> 100, zaidi ya idadi ya hafla za upitishaji wa spishi za spishi kwa vijidudu vingine vinavyojulikana vya NHP: virusi vya ukosefu wa kinga mwilini. , simrov retrovirus D au simian T-cell lymphotrophic virus.3Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 na retrovirusi zenye mapovu ya simian kwa wanadamu: ugunduzi, magonjwa ya magonjwa, usambazaji wa spishi-aina na virolojia ya Masi . Virolojia2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. Kuambukizwa kwa mfanyakazi wa maabara aliye na virusi vya upungufu wa kinga mwilini. N Engl J Med. 1994; 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al. Ushuhuda wa kuambukizwa na aina ya simian D ya retrovirus kwa watu walio wazi kwa nyani wasio wa kibinadamu. J Virol2001; 75: 1783-1789. [Crossref], [Msomi wa Google], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. Maambukizi ya mara kwa mara ya virusi vya povu ya simian kwa watu walio wazi kwa nyani wasio wanadamu. J Virol2004; 78: 2780-2789. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al. Kuambukiza Emerg Dis2005; 11: 1928-1930. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] Kutokana na kuenea kwa kiwango cha juu cha SFV katika NHP na utofauti na ukubwa wa kiunganishi kati ya wanadamu na NHP, inakadiriwa kuwa ulimwenguni idadi ya watu walioambukizwa inaweza kufikia makumi ya maelfu.8Engel G, Hungerford LL, Jones-Engel Let al. Tathmini ya hatari: mfano wa kutabiri uambukizi wa spishi-spishi za virusi vya simian povu kutoka kwa macaques (M. fascicularis) kwa wanadamu kwenye hekalu la nyani huko Bali, Indonesia. Am J Primatol2006; 68: 934-948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Novel simian maambukizi ya virusi vya povu kutoka kwa spishi nyingi za nyani kwa wanawake kutoka Jamhuri ya Kidemokrasia ya Kongo. Retrovirolojia 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Kwa kuongezea, tafiti chache za muda mrefu za wanadamu walioambukizwa wa SFV zinaonyesha kuwa SFV haipatikani kutoka kwa mtu mmoja kwenda kwa mwingine.10Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al. virusi vya povu. UKIMWI Res Hum Retroviruses 2007; 23: 1330-1337. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] Kwa hivyo, tabia ya sababu zinazoathiri usambazaji wa zoonotic ya SFV inaweza kutoa mfano bora wa kisasa wa kuelewa jinsi na kwanini baadhi ya virusi vya NHP vinaweza kusababisha binadamu kuendelea -uambukizi wa kibinadamu. Kikundi chetu kimejifunza kielelezo kati ya wanadamu na NHP huko Bangladesh katika kipindi cha miaka 6 iliyopita, ikilenga usambazaji wa spishi za spishi za mawakala wa kuambukiza. huko Bangladesh, 11-2007. J Virol2013; 87: 558-571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. Kwa kawaida alipata maambukizi ya picornavirus katika nyani wasio wanadamu katika Zoo ya Dhaka. J Virol2013; 87: 572-580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. Maambukizi ya virusi vya mafua katika nyani zisizo za kibinadamu. Kuambukizwa kwa Emerg Dis 2012, 18: 1672-1675. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] Bangladesh ni moja wapo ya nchi zenye watu wengi zaidi ulimwenguni, na maeneo mengi ya miji iko ndani au karibu na makazi ya NHP. Tax kadhaa za NHP ni za asili ya Bangladeshi, na rhesus macaque (Macaca mulatta) ni nyingi zaidi na inasambazwa sana. saizi na muundo. Mhifadhi wa Primate 2013; 26: 115-124. [Crossref], [Google Scholar] Wakati makazi ya misitu yanaendelea kupungua, rhesus ndogo, inayoweza kubadilika kiikolojia inastawi katika makazi yanayobadilishwa na wanadamu, haswa katika maeneo ambayo mitazamo ya kitamaduni inahimiza uvumilivu wao. ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Wakati mawasiliano kati ya wanadamu na rhesus macaque hufanyika haswa katika jamii ambazo macaque ni ya bure, pia hufanyika katika makaburi ya kidini ambayo yamekuwa refuges ya macaque na kupitia umiliki wa wanyama wa macaque. Kwa kuongezea, watu wahamaji, wanaojulikana anuwai kama Bade, au Qalandar, wamesafiri mkoa huo kwa karne nyingi, wakijipatia riziki kwa kufanya maonyesho na macaque waliofunzwa. Tofauti na Afrika, uwindaji wa nyani kwa nyama ya msituni ni nadra huko Bangladesh, unaowekwa kwa watu wa kiasili katika maeneo ya Chittagong Hill Tracts ambayo inapakana na Myanmar. kabila la Mro katika trakti za Chittagong Hill, Bangladesh. Usimamizi wa Int J Biodiversity Sci 2007; 3: 56-62. [Taylor & Francis Online], [Msomi wa Google] Usafirishaji wa SFV kwa binadamu kwa SFV hufikiriwa kutokea kawaida kupitia kuumwa. SFV inarudia kikamilifu katika mucosae ya mdomo ya nyani walioambukizwa, kufikia viwango vya juu kwenye mate, ambapo genomic na mRNAs zinaweza kupatikana kwa urahisi. 17Murray SM, Picker LJ, Axthelm MK, Linial ML. ukandamizaji wa kinga. J Virol2006; 80: 663-670. [Crossref], [Google Scholar] Walakini, ni kidogo inayojulikana kuhusu jinsi sifa au virusi vinavyoathiri usambazaji wa SFV. Hata kuumwa kali hakusababisha kuambukizwa kwa uaminifu.9 Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. Novel simian maambukizi ya virusi vya povu kutoka kwa spishi nyingi za nyani kwa wanawake kutoka Jamhuri ya Kidemokrasia ya Kongo. Retrovirolojia 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] Kinyume chake, watu wengine walio na maambukizo yaliyoandikwa hawakumbuki athari kubwa kwa tishu za NHP au NHP. Maswali mengine muhimu kuhusu usambazaji wa SFV ya zoonotic na maambukizo bado hayajatatuliwa. Kwa mfano, wakati wakala wa DNA hugunduliwa kwa muda mrefu zaidi ya miongo kadhaa kwa wanadamu walioambukizwa SFV; watu wengine hutengeneza kingamwili kwa SFV bila DNA inayoweza kugundulika.3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 na retrovirusi zenye povu za simian kwa wanadamu: ugunduzi, magonjwa ya magonjwa, upitishaji wa spishi-aina na virolojia ya Masi. Virolojia2013; 435: 187-199. [Crossref], [Google Scholar] Inabakia kugundulika ikiwa watu wengine huondoa maambukizo, au ikiwa aina fulani za virusi zina uwezo wa kuendelea. Utafiti zaidi unahitajika ili kubaini ikiwa, sawa na SIV / VVU, ambayo urekebishaji kati ya aina ya virusi vya ukimwi katika mwenyeji wa riwaya ulikuwa tukio la utangulizi wa mabadiliko ya virusi vya gonjwa, kuna ushahidi kwamba SFVs hujirudia katika majeshi ya wanadamu. Masomo machache yamefanywa ili kubaini ikiwa mkusanyiko wa SFV katika mate huathiri usambazaji wa zoonotic, au jinsi majibu ya kinga ya binadamu yanavyowezesha au kuzuia maambukizo au viremia inayoendelea (Soliven et al. na Matsen et al., haijachapishwa). Na wakati data iliyokusanywa katika maeneo mengine ya kijiografia na muktadha mwingine wa mawasiliano ya kibinadamu-ya-macaque imetoa ufahamu juu ya jinsi anuwai ya idadi ya watu na tabia ya macaque na ya kibinadamu inachangia uwezekano wa uchokozi wa macaque-on-human, inajulikana kidogo juu ya jinsi vigeuzi hivi vinavyoathiri virusi vya ukimwi. Usafirishaji. 18Fuentes A, Gamerl S. Ushiriki mkubwa kwa vikundi vya umri / ngono katika mwingiliano mkali kati ya macaque yenye mkia mrefu (Macaca fascicularis) na watalii wa kibinadamu katika msitu wa nyani wa Padangtegal, Bali, Indonesia. Am J Primatol2005; 66: 197-204. [Crossref], [Google Scholar] Hapa tunawasilisha data inayoelezea athari za wanadamu kwa rhesus macaques na kuambukizwa na SFV katika tovuti kadhaa huko Bangladesh na katika kufanya wamiliki wa nyani. Uchunguzi mwingine mwingi umezingatia mkoa wa pol gene (integratedase), ambayo imehifadhiwa sana na kwa hivyo haiwezi kufunua tofauti ya SFV inayopatikana kwa watu walioambukizwa wa spishi. Tumepata miamba mingi kutoka kwa damu nzima na tukifuatilia sehemu ya jeni la SFV, iliyochaguliwa juu ya pol kufunua tofauti kubwa ya maumbile ya SFV, na kutumia data ya mlolongo kulinganisha virusi vinavyopatikana kwa wanadamu na ile inayopatikana kwenye macaque ambayo huingiliana nayo . Tunaonyesha kuwa wanadamu wanaweza kuambukizwa kwa wakati mmoja na aina nyingi za SFV; watu wengine wameambukizwa na aina ya autochthonous (inayotokana na mahali inapopatikana) aina ya SFV na shida sawa na SFV inayopatikana kwenye macaque kutoka maeneo mengine ya kijiografia. Kuongeza umri ilikuwa sababu kubwa ya hatari kwa usambazaji wa zoonotic wa SFV kwa wanadamu. Jinsia ya kike na dini la Kihindu pia linaweza kuhusishwa na hatari kubwa. Takwimu hizi pamoja na matokeo yetu ya zamani Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] pendekeza kwamba harakati inayowezeshwa na binadamu ya macaque, maambukizo mengi ya SFV na urekebishaji wa virusi vya ukimwi vyote vinachangia utofauti wa virusi vya ukimwi huko Bangladesh. tovuti (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj na Charmaguria), pamoja na wamiliki wa nyani 209 wanaofanya kikundi cha wahamaji ambao hufanya maonyesho wakishirikiana na macaque yao ya mafunzo. Tovuti za jamii zilianzishwa mnamo 2007 katika maeneo ambayo macaque hutembea kwa uhuru na ambapo wakaazi walikuwa tayari kushiriki katika utafiti wa muda mrefu juu ya upitishaji wa spishi za spishi za mawakala wa kuambukiza. Tulipiga sampuli ya wamiliki wa nyani waliofanya vizuri, wakati tulipokutana nao njiani kwenda au kutoka kwa tovuti zetu za masomo ya jamii. Uchambuzi wa utofauti wa SFV kati ya nyani kutoka Bangladesh umewasilishwa katika utafiti mwenzetu. 15Feeroz MM, Soliven K, Ndogo CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Takwimu kutoka kwa utafiti huo pia ni sehemu ya data ya macaque SFV iliyowekwa kuchunguzwa katika utafiti wa sasa. Hapa tunawasilisha maelezo mafupi ya tovuti za uwanja (Kielelezo 1) kilichojumuishwa katika utafiti huu. Virusi vya zoonotic simian foamy huko Bangladesh vinaonyesha mifumo anuwai ya uambukizi na maambukizo ya pamoja Waandishi wote Gregory A Engel, Christopher T Ndogo, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial na Lisa Jones-Engelh Masomo ya kibinadamu yalihojiwa na kupigwa sampuli kwenye tovuti tano za mijini kote Bangladesh ambapo rhesus macaques zilikuwa za bure. Hivi karibuni tumeonyesha kuwa katika kila moja ya tovuti hizi shida ya msingi ya SFV inaweza kugunduliwa katika macaques. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Matatizo ya msingi ya rhesus SFV yana rangi kwenye ramani hii. Kwa masomo ya wanadamu (yaliyoonyeshwa na 'BGH') ambao waligundulika kuambukizwa na SFV, tulipata viini kadhaa kutoka kwa damu nzima na tukifuatilia sehemu ya jeni la SFV. Takwimu za mlolongo zilitumika kulinganisha virusi vilivyopatikana kwa wanadamu na ile inayopatikana kwenye macaque kutoka kwa wavuti hiyo. Rangi ya miduara karibu na kila kitambulisho cha BGH inaashiria shida ya SFV ambayo iligunduliwa kwa wanadamu hawa. Kumbuka kuwa masomo manne yameambukizwa kwa wakati mmoja na aina nyingi za SFV na kwamba watu wengine wameambukizwa na aina ya autochthonous (inayotokana na kupatikana) SFV shida na shida sawa na SFV inayopatikana kwenye macaque kutoka maeneo mengine ya kijiografia. nks, hakuna chanzo kinachojulikana Onyesha saizi kamili Kielelezo 1 maeneo ya sampuli na utofauti wa aina za SFV zilizoonekana katika masomo ya wanadamu yaliyoambukizwa. Masomo ya kibinadamu yalihojiwa na kupigwa sampuli kwenye tovuti tano za mijini kote Bangladesh ambapo rhesus macaques zilikuwa za bure. Hivi karibuni tumeonyesha kuwa katika kila moja ya tovuti hizi shida ya msingi ya SFV inaweza kugunduliwa katika macaques. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Matatizo ya msingi ya rhesus SFV yana rangi kwenye ramani hii. Kwa masomo ya wanadamu (yaliyoonyeshwa na 'BGH') ambao waligundulika kuambukizwa na SFV, tulipata viini kadhaa kutoka kwa damu nzima na tukifuatilia sehemu ya jeni la SFV. Takwimu za mlolongo zilitumika kulinganisha virusi vilivyopatikana kwa wanadamu na ile inayopatikana kwenye macaque kutoka kwa wavuti hiyo. Rangi ya miduara karibu na kila kitambulisho cha BGH inaashiria shida ya SFV ambayo iligunduliwa kwa wanadamu hawa. Kumbuka kuwa masomo manne yameambukizwa kwa wakati mmoja na aina nyingi za SFV na kwamba watu wengine wameambukizwa na aina ya autochthonous (inayotokana na kupatikana) SFV shida na shida sawa na SFV inayopatikana kwenye macaque kutoka maeneo mengine ya kijiografia. nk, hakuna chanzo kinachojulikana.Sylhet, iliyoko kaskazini mashariki mwa nchi, ndani ya kilomita 35 ya mpaka na mkoa wa Assam wa India, Sylhet ni jiji la tatu kwa ukubwa nchini Bangladesh. Idadi ya takriban macaque 125 hupatikana katika kaburi la Shah Jalal katikati mwa jiji. Macaque ya Sylhet hupita kwenye tovuti ya kaburi na katika kitongoji kilicho karibu mara moja. Macaque ya Shah Jalal hutolewa mara kwa mara na wafanyikazi wa kaburi na mara nyingi hupokea chakula kutoka kwa wageni wa kaburi hilo. Masomo ya wanadamu kumi na wanne ambao wanaishi karibu na kaburi walishiriki katika utafiti huo. ya chakula. Ijapokuwa wakaazi wengine wa Bormi mara kwa mara hutoa chakula kwa macaque, hakuna upangaji ulioandaliwa. Jumla ya masomo 105 ya wanadamu kutoka Bormi walishiriki katika utafiti huu.DhamraiMji wa Dhamrai uko 40 km kusini magharibi mwa Bormi. Takriban macaque 75-100 hupita kwa uhuru kupitia Dhamrai. Macaque hupendelea maeneo yenye kivuli kikubwa na miti ya matunda, ambayo hupatikana zaidi katika vitongoji vya Wahindu. Kama ilivyo huko Bormi, hakuna utoaji wowote wa macaque. Masomo tisa kutoka Dhamrai yalijumuishwa kwenye mkusanyiko huu wa data.NarayanganjNarayanganj ni jiji lenye watu wengi lenye bandari takriban kilomita 20 kusini mwa Dhaka. Idadi ya watu wa rhesus macaque inaendelea kupungua katika eneo hili huku maendeleo ya miji yakibadilisha nafasi za kijani kibichi. Makadirio 60 ya mji huu hayatolewi na hayajambo kwa wanadamu. Masomo thelathini na sita ya wanadamu kutoka Narayanganj walishiriki katika utafiti huo. CharmaguriaCharmaguria iko kilomita 150 kusini / kusini magharibi mwa Dhaka kando ya Mto Padma. Macaque> 200 katika eneo hili hutolewa na shirika la mahali hapo katikati, na maeneo mengi ya kijani kibichi katika mji huu mdogo hutoa korido za asili ambazo wanyama hutawanyika sana. Masomo arobaini na tano ya wanadamu kutoka Charmaguria walishiriki katika utafiti huo.Uajiriwa, idhini ya kuarifiwa na itifaki za sampuli, pamoja na ufuatiliaji wa watu wenye chanya wa SFV, wameidhinishwa na Bodi ya Uhakiki ya Masomo ya Binadamu ya Chuo Kikuu cha Washington (23055) na bodi ya ukaguzi inayofanana katika Chuo Kikuu cha Jahangirnagar, Bangladesh. Takwimu za kibaolojia na idadi ya watu kutoka kwa masomo ya wanadamu ziliorodheshwa na vitambulisho vya kipekee, visivyojulikana ambavyo vilianza na 'BanGistani Binadamu' (BGH). Katika kila tovuti ya jamii, washiriki wa timu ya Bangladeshi walianzisha mawasiliano na viongozi wa vitongoji na kugundua eneo kuu katikati ya anuwai ya ukusanyaji wa data. Washiriki wa timu ya Bangladeshi kisha walishirikiana na wakaazi wa jamii na wakajitokeza kwa miguu, wakiuliza ushiriki wa watu ambao walijitambulisha kama wameumwa au kujeruhiwa na macaque. Vigezo vya kujumuishwa kwa masomo hayo ni pamoja na umri zaidi ya miaka 18, kujitangaza kwa NHP na / au makazi ya muda mrefu (> miaka 20) katika kijiji. Idhini iliyoandikwa ya habari ilipatikana kutoka kwa masomo yote. Takwimu na data ya idadi ya watu inayoelezea ufunuo wa NHP ilipatikana kupitia dodoso linalosimamiwa na mshiriki wa timu katika lugha ya kienyeji, Kibengali. Mililita kumi za damu nzima zilikusanywa kutoka kwa kila mshipa wa mshipa wa kuzuia ujauzito kwenye bomba iliyo na asidi ya ethilini diamine tetraacetic, iliyohifadhiwa kwenye barafu kwa si zaidi ya saa 12, kisha ikazidishwa katikati. Damu nzima na aliquots za plasma zilihifadhiwa hadi -80 ° C hadi ichambuliwe. Whatman Sterile Omni Swabs (Whatman, Piscataway, NJ, USA) zilitumiwa kupata sampuli za mucosal za buccal. Swabs ziliwekwa mara moja katika 500 µL ya Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) kilichopozwa kwenye barafu kwa si zaidi ya saa 12 kabla ya kugandishwa hadi -80 ° C hadi kuchambuliwa. Njia hizi kimsingi zinafanana na zile tulizotumia kupata na kuhifadhi sampuli za kibaolojia zinazotokana na macaques. 15Feeroz MM, Soliven K, Ndogo CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya machesu ya rhesus na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Msomi wa Google] Rudia sampuli ya wanadamu waliothibitishwa wa SFV Ikiwa somo la kibinadamu lilithibitishwa kuwa SFV chanya na mmenyuko wa mnyororo wa polymerase (PCR), timu ya utafiti ilijaribu kuwasiliana na kuonyesha mfano wa somo takriban mwaka 1 baada ya sampuli ya awali . Itifaki za ukusanyaji wa sampuli za kibaolojia za ufuatiliaji wa sampuli za masomo mazuri ya SFV zilitumika sawa wakati wa sampuli ya awali. Kwa kuongezea, masomo mazuri ya SFV yalipokea uchunguzi mfupi wa mwili na historia ya kina ya matibabu ilikusanywa.Rhesus macaque sampuli Hati mwenzetu wa mradi huu15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] hutoa sampuli zote za wanyama na itifaki za maabara. Utaratibu wa gag ya SFV kutoka jumla ya macaque 184 ya rhesus imejumuishwa katika utafiti wa sasa (Kielelezo 2). Sisi pia ni pamoja na katika mlolongo huu wa hifadhidata zilizopatikana kutoka kwa rhesus nne, mbili kutoka Dhamrai na mbili kutoka Bormi, ambazo tuliweza kuiga tena miaka miwili baada ya sampuli yao ya kwanza. Virusi vya zoonotic simian foamy huko Bangladesh vinaonyesha mifumo anuwai ya uambukizi na maambukizo ya pamoja Waandishi wote Gregory A Engel, Christopher T Ndogo, Khanh Soliven, Mostafa M Feeroz, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial na Lisa Jones-Engelh Kwa kila nyani, upau wa rangi unaolingana na idadi ya sampuli ya nyani huwasilishwa katika (A), na vigae vyenye rangi vinavyolingana na shida zinazoonekana ndani ya sampuli ya damu ya nyani iliyoonyeshwa katika (B). Matatizo yasiyo ya msingi yameandikwa kulingana na uhusiano wa recombinant ulioanzishwa na shida za wazazi. Mechi nzuri hufafanuliwa na uwezekano wa 90% kwa jozi 200 au zaidi za msingi katika uchambuzi wa ndugu. Mikoa ya genome inayolingana hakuna shida za wazazi juu ya kizingiti hiki kwa angalau 200 nt ziliwekwa alama kama nks (hakuna chanzo kinachojulikana). Hili ni toleo rahisi la takwimu kutoka kwa karatasi rafiki ya utafiti huu, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Msomi wa Google] lakini na uainishaji uliobadilishwa wa aina. Onyesha saizi kamili Picha ya 2 Uainishaji wa mnachuja wa damu kwa nyani kutoka kwa idadi ya watu wa sampuli. Kwa kila nyani, upau wa rangi unaolingana na idadi ya sampuli ya nyani huwasilishwa katika (A), na vigae vyenye rangi vinavyolingana na shida zinazoonekana ndani ya sampuli ya damu ya nyani iliyoonyeshwa katika (B). Matatizo yasiyo ya msingi yameandikwa kulingana na uhusiano wa recombinant ulioanzishwa na shida za wazazi. Mechi nzuri hufafanuliwa na uwezekano wa 90% kwa jozi 200 au zaidi za msingi katika uchambuzi wa ndugu. Mikoa ya genome inayolingana hakuna shida za wazazi juu ya kizingiti hiki kwa angalau 200 nt ziliwekwa alama kama nks (hakuna chanzo kinachojulikana). Hili ni toleo rahisi la takwimu kutoka kwa karatasi rafiki ya utafiti huu, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor na Francis Online], [Msomi wa Google] lakini na uainishaji uliobadilishwa wa aina. Ugunduzi wa SFV Magharibi blotRhesus macaque fibroblast Telo-RF seli line19Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. ukuaji wa rhesus rhadinovirus (RRV). Arch Virol2002; 147: 321-333. [Crossref], [Google Scholar] aliambukizwa na SFV M. mulatta au M. fascicularis, au kushoto bila kuambukizwa. Baada ya saa 48, seli zilikuwa zimepigwa kwa bafa ya sampuli ya 1x sodium dodecyl sulfate (50 mM Tris-HCl (pH 6.8), 10% glycerol, 2% sodiamu dodecyl sulfate, 5% 2-mercaptoethanol, 0.01% bromophenol bluu) na sampuli elec trophoresed kupitia 10% jeli za polyacrylamide. Baada ya kuhamisha protini kwenye utando wa polyvinylidene difluoride (Millipore Billerica, MA, USA), utando ulizuiliwa kwenye salini iliyosababishwa na phosphate + 0.05% Kati kati ya 20 iliyo na maziwa kavu yasiyo na mafuta 2%, na kuoshwa na maji na kushoto kukauka. Vipande vilitengenezwa, kila moja ikiwa na vichochoro vitatu (alama ya uzito wa Masi, Telo-RF isiyoambukizwa na lysates za seli za Telo-RF zilizoambukizwa) na kingamwili ya msingi (plasma ya binadamu) iliongezwa kwa dilution ya 1∶20 na ikawekwa kwa usiku mmoja saa 4 ° C. Vipande vilioshwa mara tatu katika salini iliyobanwa na fosfati + 0.05% Kati ya 20 kabla ya kuongeza peroxidase ya pili ya mbuzi dhidi ya binadamu (Thermo Scientific and GE Healthcare Rochester, NY, USA) kwa dilution ya ∶1 kwa 5000 h kwa joto la kawaida . Vipande vilioshwa mara tatu zaidi kabla ya suuza na maji na kutumia 3,3 ', 5,5'-tetramethylbenzidine imetulia substrate ya peroxidase ya figo (Promega Madision, WI, USA) kuibua bendi. Plasma kutoka BGH4, inayojulikana SFV chanya 20Jones-Engel L, May CC, Engel GAet al. Muktadha tofauti wa usambazaji wa zoonotic ya virusi vya povu vya simian huko Asia. Kuambukiza Emerg Dis2008; 14: 1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] ilitumika kama udhibiti mzuri.Utenganishaji wa DNA kutoka kwa damu nzimaDNA ya jumla ya genomiki ilitolewa kutoka kwa damu yote ya wanadamu kwa kutumia QIAamp DNA mini kit (Qiagen) kulingana na itifaki ya mtengenezaji. Tulitoa DNA kutoka 200 µL ya damu nzima. DNA iliyosafishwa ilipendekezwa katika 200 ofL ya bafa ya kuongeza nguvu ya AE.PCR ya vipande vya gag na pol kutoka kwa genomic DNAA jumla ya 15 µL ya DNA iliyotengwa ilitumika kwa ukuzaji wa PCR wa gag au vipande vya pol na PCR pande zote mbili. Duru ya kwanza PCR ilikuwa majibu ya anuwai na gag na pol primers (mlolongo wa mwanzo: G1 (+) (nt 114-134, iliyochukuliwa kutoka kwa mlolongo wa SFV1 GeneBank NC_001364 NC_001736) 5'-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 '; G2 (-) (nt 1451-1433) 5'-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 '; P1 (+) (nt 5179-5200) 5'-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3'; P2 ( -) (nt 5768-5749) 5'-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3 ". Athari zilibadilishwa kwa 95 ° C kwa dakika 3, ikifuatiwa na mizunguko miwili ya 95 ° C kwa 30 s, 38 ° C kwa dakika 1, 72 ° C kwa dakika 1, kisha ikifuatiwa na mizunguko 25 ya 95 ° C kwa 30 s , 52 ° C kwa dakika 1 na 72 ° C kwa dakika 1. Maji yalitumiwa kama udhibiti hasi. 2 µL ya bidhaa ya PCR ilitumika kama kiolezo kwa PCR ya raundi ya pili. Labda gag au pol primers (G3 (+) (nt 190-212) 5'-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3 '; G4 (-) (nt 1425-1406) 5'-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 '; P5 (+) (nt 5339-5361) 5'-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3'; P6 (-) (nt 5728-5707) 5'-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ') zilitumiwa kukuza vipande vya mtu binafsi. Athari zilibadilishwa kwa 95 ° C kwa dakika 3, ikifuatiwa na mizunguko 35 ya 95 ° C kwa 30 s, 52 ° C kwa dakika 1 na 72 ° C kwa dakika 1. Ukubwa unaotarajiwa wa bidhaa za PCR kwa gag na pol ni 1235 bps na 390 bps, mtawaliwa. Kuunganisha na upangaji wa vipande vya gag Bidhaa za FV PCR zilitakaswa gel kwa kutumia QIAquick gel ya uchimbaji (Qiagen) kulingana na itifaki ya mtengenezaji. Vipande vilivyotakaswa viliwekwa ndani ya vector ya kutengeneza TOPO-TA (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) na kubadilishwa kuwa seli zenye uwezo za Escherichia coli TOP10 (Invitrogen). Makoloni mengi moja kwa kila sampuli ya gag yalichaguliwa na DNA ya plasmid ilitakaswa na kufuatiliwa. Ufuatiliaji ulifanywa kwa kutumia viboreshaji vya M13 mbele na kurudisha nyuma, na vile vile usambazaji wa ndani na wa nyuma wa gag na Chuo Kikuu cha Washington Genomics Facility au GeneWiz Inc. (Seattle, WA, USA). Matatizo ya virusi huonyeshwa kwa kutumia herufi ndogo ili kuzitofautisha na tovuti za kijiografia ambazo wanadamu au macaque zilichukuliwa sampuli (kwa mfano, Dhamrai ni tovuti ya utafiti ambapo shida ya msingi ya dhamrai iligunduliwa. (Qiagen) walitikiswa kwa 37 ° C kwa dakika 15 na 40 U ya RNaseOUT ribonuclease inhibitor (Invitrogen) na 1 U ya RNase-free DNase I (Promega) mara moja kabla ya uchimbaji wa RNA. Jumla ya RNA ilitolewa kulingana na itifaki ya kawaida kwa kutumia RNeasy Mini Kit (Qiagen). RNA ilitibiwa tena na 40 U ya RNaseOUT na 1 U ya RNase-bure DNase I saa 37 ° C kwa 1 h. Sampuli kisha zikaingizwa kwa 65 ° C kwa dakika 15 ili kuwezesha enzymes. RNA ilihifadhiwa kwa -20 ° C kwa matumizi ya baadaye. Unukuzi-PCR (RT-PCR) wa usufi wa buccal RNART-PCR ulifanywa ili kulinganisha mfuatano wa gag (1235 bp) kutoka kwa RNA ya buccal. CDNA ya mkondo wa kwanza ilijumuishwa kwa kutumia mfumo wa Thermoscript RT-PCR (Invitrogen) kulingana na itifaki ya mtengenezaji kwa kutumia primer ya Oligo (dT) 18. Athari za RT hazikuamilishwa kwa 85 ° C kwa dakika 5. CDNAs zilizotumiwa zilitumika kama templeti ya PCR pande zote kama ilivyoelezewa hapo juu kwa ukuzaji wa damu nzima ya FV. Uchambuzi Njia za kufunga na uchambuzi wa hypermutation Utaratibu chini ya uchunguzi katika utafiti huu ulionyesha ushahidi wa hypermutation inayopatanishwa na APOBEC3. Uchambuzi kamili wa shughuli hii umewasilishwa Matsen et al. (haijachapishwa). Uchambuzi huu ulitengeneza mpangilio wa mpangilio mbaya wa upunguzaji wa damu kwa kuondoa nguzo zinazoshukiwa kuwa na upungufu wa damu. Marekebisho haya yalitumika kwa salio la uchambuzi katika utafiti huu, ili kuzuia kuchanganyikiwa kwa hypermutation na ishara halisi ya phylogenetic. Uchanganuzi wa kisaikolojia kuhesabu miti mikubwa ya mageuzi na wasifu badala ya tumbo la umbali. Mol Biol Evol. 2009; 26: 1641-1650. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar], 22Bei MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2 - takriban miti inayowezekana kwa upatanisho mkubwa. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] Mti huu ulionyeshwa kwa kutumia Archeopteryx (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). Kutoka kwa usawa huo huo, SplitsTree 4.12.823 Huson DH, Bryant D. Matumizi ya mitandao ya phylogenetic katika masomo ya mabadiliko. Mol Biol Evol. 2006; 23: 254-267. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] ilitumiwa kutengeneza mtandao wa mgawanyiko. Uchambuzi wa StrainNjia ziligunduliwa kwa kupitisha upatanisho wa hasi ya hypermutation kupitia hesabu ya ujumuishaji wa hivi karibuni. Ilibainika kuwa matumizi moja ya UCLUST v1.124Edgar RC. Utaftaji na maagizo ya mkusanyiko wa ukubwa haraka kuliko BLAST. Bioinformatics2010; 26: 2460-2461. [Crossref], [Wavuti ya Sayansi ®], [Google Scholar] ilitoa matokeo mabaya ya mkusanyiko kwa sababu ya hali ya ulafi ya algorithm. Algorithm mpya ya hivi karibuni, iliyopendekezwa na mwandishi wa UCLUST katika http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, ilitekelezwa ambayo ilishughulikia vizuri suala hili. Kwa kila mzunguko wa mkusanyiko, mfuatano wa makubaliano kutoka kwa raundi ya hapo awali uliongezwa juu ya usawa usiopigwa, ili ukubwa wa nguzo kutoka kubwa hadi ndogo. Kwa ujanibishaji huu, mkusanyiko ulifanywa kwa kutumia nguzo_smallmem, ikitoa mfuatano mpya wa makubaliano na nguzo. Utaratibu huu ulirudiwa mara mbili. Kazi za nguzo zilipangwa vizuri na hati ambayo ilipata sentimita ya kweli ya kila nguzo, kama inavyofafanuliwa na mlolongo na wastani wa wastani wa umbali wa Hamming kwa kila mlolongo mwingine kwenye nguzo. Hati hiyo ilikaguliwa ili kuhakikisha kuwa kila mlolongo umejumuishwa na sentimita ambayo ilikuwa karibu zaidi (tena, kama inavyofafanuliwa na umbali wa kawaida wa Hamming), ikifanya ugawaji tena ikiwa ni lazima. Hesabu hii ya iterative ilitumika kwa kutumia kizingiti cha 97.77%. Kizingiti hiki, kikiwa juu kidogo kuliko kile kilichotumiwa katika utafiti mwenzetu, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. Mienendo ya idadi ya watu ya rhesus macaques na virusi vinavyohusiana na povu huko Bangladesh. Maambukizi ya Microbes ya Emerg 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Mwanazuoni wa Google] bora anaonyesha kiwango cha chini cha utofauti wa mlolongo kama matokeo ya kuondoa nguzo zinazoshukiwa kuwa na upungufu wa damu. Kama ilivyoelezwa hapo juu, aina za virusi zinaashiria kutumia herufi ndogo ili kuzitofautisha na tovuti za kijiografia ambazo wanadamu au macaque zilichukuliwa sampuli (kwa mfano, Dhamrai ni tovuti ya utafiti ambapo shida ya msingi ya dhamrai ilipatikana kimsingi. ilifanya kwa kutumia programu ya takwimu ya JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA); uchambuzi wa meza za dharura zilifanywa na kazi ya uvuvi ya R. Timu ya 25 R Core. R: Lugha na mazingira kwa kompyuta ya takwimu. Vienna: R Foundation for Computing Statistical, 2012. [Google Scholar] MATOKEO Takwimu za idadi ya watu pamoja na maonyesho ya NHPKwa kipindi cha miaka 5, 2007-2011, sampuli za kibaolojia zilikusanywa kutoka kwa watu 222.

Acha ujumbe 

Orodha ujumbe